A Biotecnologia e suas diversas áreas correlatas serão o tema central do CONEEQ 2009. Além das Palestras, Cursos e Mostra de Iniciação Científica, nessa edição será realizado o E4Q (Encontro de Entidades Estudantis de Engenharia Química), que consistirá no encontro de Centros e Diretórios Acadêmicos, Atléticas e Empresas Juniores das diversas unidades de ensino de Engenharia Química. Outra inovação fica por conta do Programa Trainee, que será um espaço cedido para que as empresas apresentem para os estudantes sua estrutura e seu processo de recrutamento.